Il secondo Chiostro del monastero di Santa Scolastica, detto anche “Chiostro Gotico”, fu costruito tra la fine del 1200 e gli inizi del 1300.
La sua forma irregolare, a sei lati, deriva dall’unione di due rettangoli con diverso orientamento: i lati adiacenti alla chiesa rispettano la disposizione della parte più antica del monastero, mentre gli altri seguono una direzione che devia verso est.
Forse qui un tempo stava l’ingresso, come si vede nell'affresco de “Il miracolo della falce”, posto nella galleria meridionale. Si chiama “Chiostro Gotico” per gli archi a sesto acuto, con doppio sguancio, che poggiano su robusti pilastri. Al centro sta un pozzo esagonale con parapetto e colonne di marmo, che, un tempo appartenevano alla villa neroniana.
Nel lato ovest, all’altezza del terzo e del quarto arco, è possibile ammirare il campanile e il monte Francolano. La parete del lato nord è ornata di reperti provenienti dalle diverse chiese del monastero e dalla villa di Nerone. In una lapide, murata su un pilastro posto dirimpetto al portale della chiesa, è raffigurato il noto simbolo eucaristico: due cervi si abbeverano ad un recipiente poggiato su una pianta. Sulla schiena dell’animale di sinistra sta un’epigrafe, che allude alla consacrazione della chiesa di Santa Scolastica (4 Dicembre 980).
Non chiaro è, invece, il significato dell’iscrizione posta nella parte superiore della lapide. Dal XIII secolo in questo luogo vennero stipulati gli atti pubblici, perciò era accessibile anche ai laici; tale prassi cessò con l’abate Cirillo (1577-1581), che apportò radicali modifiche alla vita monastica.

ARCO GOTICO FLAMBOYANT

Il lato ovest del secondo chiostro del monastero di Santa Scolastica presenta al suo inizio un grande Arco "flamboyant", del 1400, a doppia arcata, dal quale si vede la facciata della chiesa gotica e il campanile romanico.
Grande importanza assumono i due archivolti, con larga modanatura a gola: l'arco interno è acuto e ornato di grosse foglie, quello esterno è a chiglia, con nicchie all'imposta e fiore sulla cuspide.
La novità dell'Arco sta proprio nella curvatura, detta appunto "a profilo di chiglia" dell'arcata esterna, che fu un elemento decorativo notevole nel gotico d'oltralpe; si usò soprattutto nelle entrate delle chiese e in qualche facciata, ma fu poco presente in Italia.
La prima arcata contiene, in tenero calcare, figure di patriarchi o di profeti dai volti barbuti, sorretti da mensole; nella seconda arcata sono rappresentati alcuni angeli che incorniciano la statua della Madonna in trono, posta al centro. Questo particolare, unico in Italia, si trova, invece, in portali gotici d'oltralpe soprattutto spagnoli e catalani. L'influsso catalano, evidente nell'Arco, testimonia la presenza nel monastero, in quel periodo, di monaci spagnoli e di altre nazionalità europee, secondo l'apertura culturale ed artistica dei monasteri sublacensi, e la presenza di un abate spagnolo (il cardinale Torquemada).
Un'ulteriore conferma dell'influsso iberico è data dall'edicola rettangolare che inquadra l'Arco e che risulta leggermente aggettante rispetto al muro. Gli Spagnoli avevano ereditato questo elemento architettonico dagli Arabi, dei quali per anni subirono la presenza.