Tra il 1244 e il 1276, l’abate Enrico ristrutturò il Sacro Speco, come si legge nel Chronicon, trasformandone completamente l’aspetto.
A questo periodo risale la creazione del vasto piano della Chiesa Inferiore, un ampio spazio rettangolare, diviso in tre vani, coperti da volte a crociera, uno rettangolare e due quadrati.

Alterò profondamente l’interno dello Speco l’inserimento della pianta “ad quadratum”, bernardina, che i Cistercensi, in quel tempo, andavano diffondendo in Europa. L’accesso alla Chiesa Inferiore avviene oggi dal transetto della Chiesa Superiore tramite una scala, a sinistra della quale sta un affresco di matrice bizantina, che raffigura il testo della bolla del 4 Luglio 1202, con la quale il papa Innocenzo III concedeva speciali favori ai monaci residenti nello Speco.

La Prima Campata della Chiesa Inferiore è situata vicino alla Scala Santa, posta sulla sinistra di chi si mette di fronte alla Chiesa.
Nella parete di fondo sono rappresentati gli episodi de “L’offerta del pane”, “Il pane avvelenato sottratto dal corvo” e “Cristo benedicente tra angeli, con San Benedetto e Santa Scolastica”.

La Seconda Campata della Chiesa Inferiore si trova allo stesso livello della Prima Campata e ad un livello più basso rispetto alla Terza Campata, poiché segue il digradare della roccia.
A sinistra, vicino all’ingresso che porta alla Grotta della Preghiera, vi è un affresco che rappresenta “Cristo benedicente tra Angeli”.