La Chiesa del Monastero di Santa Scolastica sorge sul primo oratorio di San Benedetto, di cui, nel 1962, si sono scoperte le tracce.
Molto probabilmente nel secolo IX una seconda chiesa fu costruita su quella preesistente, come si può dedurre dai resti che affiorano da sotto il campanile e presenti nella chiesa più moderna.

Una terza chiesa, consacrata nel 980 da Benedetto VII, fu edificata in stile romanico e, nel 1300, fu rifatta, mantenendo immutate le dimensioni, secondo lo stile gotico-cistercense.
È ancora possibile vedere, nel transetto, i resti del rosone originario.

Il famoso architetto Giacomo Quarenghi, nel 1769, restaurò la Chiesa in stile neoclassico, seguendo la struttura gotica precedente. La Chiesa è a croce latina, ad una navata di forma rettangolare irregolare, quasi un trapezio, con volta a botte e con decorazioni risalenti ai restauri del Quarenghi, che si ispirò al Palladio e in particolare alla chiesa del SS.mo Redentore alla Giudecca (Venezia).

Nel 1052-53, forse sulla torre campanaria della chiesa del 980, costruita a sua volta sul nartece della chiesa del IX secolo, di cui restano quattro grossi pilastri con altrettanti archi, fu fatto innalzare dall’abate francese Umberto il campanile a cinque piani.