Il secondo Chiostro del monastero di Santa Scolastica, detto anche “Chiostro Gotico”, fu costruito tra la fine del 1200 e gli inizi del 1300.
La sua forma irregolare, a sei lati, deriva dall’unione di due rettangoli con diverso orientamento: i lati adiacenti alla chiesa rispettano la disposizione della parte più antica del monastero, mentre gli altri seguono una direzione che devia verso est.

Forse qui un tempo stava l’ingresso, come si vede nell’affresco de “Il miracolo della falce”, posto nella galleria meridionale. Si chiama “Chiostro Gotico” per gli archi a sesto acuto, con doppio sguancio, che poggiano su robusti pilastri. Al centro sta un pozzo esagonale con parapetto e colonne di marmo, che, un tempo appartenevano alla villa neroniana.

Nel lato ovest, all’altezza del terzo e del quarto arco, è possibile ammirare il campanile e il monte Francolano. La parete del lato nord è ornata di reperti provenienti dalle diverse chiese del monastero e dalla villa di Nerone. In una lapide, murata su un pilastro posto dirimpetto al portale della chiesa, è raffigurato il noto simbolo eucaristico: due cervi si abbeverano ad un recipiente poggiato su una pianta.

Il lato ovest del secondo chiostro del monastero di Santa Scolastica presenta al suo inizio un grande Arco “flamboyant”, del 1400, a doppia arcata, dal quale si vede la facciata della chiesa gotica e il campanile romanico.